Schulerhalter ist der „Schulverein des Benediktinerstiftes Kremsmünster“. Dessen Vorsitzender ist Abt KR Mag. Ambros Ebhart. Die Schüler/innen und Lehrer/innen sind ihm als Protektor des Stiftsgymnasiums ein besonderes Anliegen. Weiters ist der Schulerhalter für die Erhaltung und Ausstattung des Gymnasiums zuständig. Beispielsweise wurden für den Turnsaalneubau und die Schulerweiterung 8 Millionen Euro investiert.
Wichtig ist dem Schulerhalter die Feier der Hausfeste gemeinsam mit der Schule (besonders Gunthervesper, Stiftertag, Benedictitag) sowie die spirituelle Betreuung der Schüler/innen und des Lehrerkollegiums (Einkehrtage, Besinnungsnachmittage, Schulgottesdienste).
Weiters bietet der Schulerhalter dem Gymnasium Möglichkeiten, die an öffentlichen Schulen nicht zur Verfügung stehen. Die Schule hat die Gelegenheit die historischen Räumlichkeiten, die Museen und Sammlungen sowie die Betriebe des Stiftes in den Unterricht einzubeziehen.