Ein Hauptziel der Schule ist es, eine fundierte Allgemeinbildung zu vermitteln, die die verschiedensten Studien- und Berufsmöglichkeiten eröffnet. An der Schule werden moderne (Englisch, Französisch, Italienisch, Spanisch und Russisch) und klassische Sprachen (Latein, Griechisch) unterrichtet. Auch die Naturwissenschaften haben eine starke Tradition. Einen weiteren Schwerpunkt stellen Bühnenspiel, Musik und Kunsterziehung dar. Dazu bekommen die Schülerinnen und Schüler eine gute Ausbildung in Informatik vermittelt. Die sportliche Betätigung in Unterricht und Freizeit ist der Schule ebenfalls ein wichtiges Anliegen.

Am Stiftsgymnasium Kremsmünster als einer katholischen Ordensschule sollen den jungen Menschen christliche Haltungen vermittelt werden. Wichtig ist der Schulgemeinschaft außerdem ein höflicher Umgang miteinander und eine gute Gesprächskultur. Dazu steht seit 2010 auch ein "Social Coach" zur Verfügung.

Das Schulleben ist zudem geprägt durch gemeinsame Unternehmungen: mehrtägige Schulveranstaltungen, Schulfeste mit lebhafter Beteiligung der Eltern und Bildungsreisen (auch in den Ferien). Wesentlich sind für die Schulgemeinschaft die gemeinsamen Gottesdienste während des Schuljahres.

Die Sammlungen der Sternwarte und die Kunstsammlungen werden in den Unterricht einbezogen. Schüleraustausch und internationale Projekte bereichern das Schulleben.

Wer besonders leistungsfähig und leistungswillig ist, kann aus einer Anzahl von Freigegenständen, Kurzkursen und Talentförderkursen auswählen. Die Sportanlagen – u. a. ein beheiztes Schwimmbad – sind auch in der Freizeit zugänglich.

Dem Gymnasium angeschlossen ist ein Tagesheim, wo die Schüler von 07:00 bis 17:10 Uhr gemeinsam lernen und aktiv die Freizeit verbringen können.

Die Absolventinnen und Absolventen der Schule pflegen auch im späteren Leben freundschaftliche Kontakte untereinander und sind im Kremsmünsterer-Verein organisiert, der in fast allen österreichischen Universitätsstädten, in mehreren oberösterreichischen Orten und auch im Ausland Stützpunkte hat.