In der frühen Reformationszeit ist Dorothea Jörger, Herrin auf Pernstein, eine der ersten Anhängerinnen der Reformation. Mit Martin Luther steht sie in engem Briefkontakt. Die Kapelle in Pernstein ist einer der ersten evangelischen Gottesdiensträume in Österreich. Zum Ende des zweiten Weltkrieges werden Burg und Kapelle Zufluchtsort für viele Flüchtlinge. Für die Menschen in der Ortschaft Altpernstein ist die Burgkapelle in der Nachkriegszeit so etwas wie ihre Dorfkirche geworden.
Dieser Raum lässt uns spüren, dass katholische und evangelische Christen Geschwister sind, so wie es Bischof Manfred Scheuer und Superintendent Gerold Lehner zum Reformationsjubiläum im Jahr 2017 formuliert haben: "Beide Kirchen haben einander so viel zu geben, beide können voneinander so vieles lernen, vermögen einander zu stärken, einander „Gehilfen zur Freude“ sein."
Zu drei unterschiedlichen Marienbildern kamen und kommen die Wallfahrer in die Burgkapelle. Heute steht in der Altarnische die Kopie einer kleinen spätgotischen Marienfigur mit dem Jesuskind am Schoß, der Pernsteiner Madonna. Vor rund zweihundert Jahren war es ein Bild Heiligen Familie, das als Muttergottes von Altpernstein verehrt worden ist. Viele Wallfahrer kommen aber wegen einer anderen Mariendarstellung: Sie kommen zur Maria vom Guten Rat. Ursprünglich findet sich diese Darstellung als mittelalterliches Wandbild in Genazzano, einer Kirche östlich von Rom. Unsere Pernsteiner Maria vom Guten Rat ist in der Mode der Barockzeit gemalt, als liebliche Madonna.
Die Burgkapelle wird derzeit umfassend renoviert und kann damit in Zukunft wieder für Gottesdienste, Taufen, Hochzeiten, Andachten usw. genutzt werden und für Menschen aller Konfessionen offen stehen.