Das alchemistische Interesse der Äbte wird besonders durch einen Pokal (um 1700) dokumentiert, dessen Grundmaterial vermeintlich durch die Umwandlung von Eisen zu Kupfer erzeugt wurde. Die im Schaft von der Figur eines Bergwerksknappen getragene Kuppa wird zuoberst von einer Eisenblüte bekrönt, die das Ausgangsmaterial sichtbar vorführt.
Andere Objekte wurden wegen ihres Altertumswertes den Sammlungen beigefügt, wie das 1682 erworbene Flabellum aus der Mitte des 12. Jahrhunderts. Die bereits als Spolie erworbene Scheibe, ursprünglich wohl mit Bergkristallen und Emails geschmückt, vereinigt in germanischer Tradition das Motiv der Sonnenscheibe mit dem gliedernden System der Kreuzgrate. Die entstehenden Felder werden mit typologischen Szenen aus dem Neuen Testament und Physiologus gefüllt: Der Auferstehung Christi entspricht darunter die Erweckung der Löwenkinder am dritten Tag nach ihrer Geburt, die Himmelfahrt Christi wird dem Aufstieg des zu neuem Leben wiedergeborenen Adlers gegenübergestellt. Mit diesem inhaltlichen Programm steht diese Scheibe unter den wenigen in Europa erhaltenen Exemplaren solcher Flabellen in einzigartiger Qualität da. Der sekundär hinzugefügte Fuß etwa aus derselben Zeit führt die typologische Deutung des christlichen Heilsmysteriums fort, indem auf die prophetische Ankündigung des Christusereignisses durch Moses, Samson und Ezechiel verwiesen wird.
Weitere Stücke gelangten als Geschenke mit Memorialcharakter in die Äbtliche Sammlung, wie z.B. das Jagdbesteck Maximilians I., gefertigt von Hans Sumersperger (1496) auf den Tod des Sigismund von Tirol. Dieses Besteck erhielt Abt Johannes Schreiner (Abt von 1505-1524) für seine Dienste als Beichtvater und Testamentsvollstrecker des im benachbarten Wels verstorbenen Kaisers.
Triumphalen Memorialcharakter haben ebenfalls die nach der Befreiung Wiens erbeuteten Turcica, zu denen neben den erbeuteten Waffen, Gewändern und Gebrauchsgegenständen vor allem auch Manuskripte gehören. Sammlungsgeschichtlich wurden allerdings diese Sammlungsteile immer wieder neu gruppiert und sind heute nicht mehr geschlossen zu sehen.
Das 19. Jahrhundert fügte den Sammlungen vor allem zwei Schwerpunkte hinzu. Die Biedermeier- und Salonmalerei legt in der Kremsmünsterer Sammlung einen besonderen Schwerpunkt auf jene oberösterreichischen Autodidakten, Martin Kestler und Michael Neder, die dem romantischen Ideal des Naturgenies zu entsprechen schienen, einem Ideal, das in Kremsmünster besonders den hier ausgebildeten Dichter Adalbert Stifter beeinflussen sollte, dessen einzig erhaltenes Jugendportrait ebenfalls in diese Sammlung gelangte.
Das sich neu formulierende Bewusstsein des 19. Jahrhunderts fand aber nicht zuletzt seinen Niederschlag in einer Neubewertung der mittelalterlichen Tafelmalerei, die von ihrer Entstehung her den ältesten Bestand der Sammlungen repräsentiert, sammlungsgeschichtlich aber den jüngsten Zweig der Sammlungstätigkeit darstellt. Neben der Restaurierung des überkommenen Bestandes, wie den Tafeln des Katharinenmeisters (um 1510), wurden Tafeln aus inkorporierten Pfarren des Stiftes in den Sammlungen gesichert, so die Flügel des Leonhardsaltars (um 1465) aus Heiligenleiten bei Pettenbach oder Glasmalereien aus der Filialkirche St. Blasien bei Bad Hall. Zugleich aber wurden auf dem Kunstmarkt auch Tafeln erworben, wie der bayrische Zyklus aus dem Marienleben des Meisters der Pollinger Tafeln (1439).
